課程大綱

課程資訊

課程名稱	分子親緣關係學 Molecular Phylogenetics
開課學期	100-1
授課對象	理學院海洋生物及漁業組
授課教師	陳韋仁
課號	Ocean5059
課程識別碼	241 U1990
班次
學分	3
全/半年	半年
必/選修	選修
上課時間	星期五2,3,4(9:10~12:10)
上課地點	海研232
備註	本課程中文授課,使用英文教科書。總人數上限：12人
Ceiba 課程網頁	http://ceiba.ntu.edu.tw/1001molphyl
課程簡介影片
核心能力關聯	核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
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課程概述	自從DNA結構在1953被發現後, 分子生物技術開始蓬勃發展並開啓了生命科學研究的新紀元, 這包括了紀錄著“生命密碼”的各個物種之基因（體) 的被剖析. 然而, 確立基因彼此間的親緣關係, 乃是關鍵的第一步. 本課程將以此為主軸, 引導學生了解此學門對理解生物多樣性和演化生物學研究的重要性與意義。
課程目標	學生藉由授課, 實作(包含資料之收集, 編集與分析), 課堂討論和成果報告 1. 獲得此學門的基本知識與相關應用 2. 學習如何建立分子親緣關係樹 3. 獲得設計與執行相關研究計畫的能力
課程要求	修課學生必須有遺傳學的基礎; 最好能自備 Mac (Apple) 電腦
預期每週課後學習時數
Office Hours
指定閱讀
參考書目	1.Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach by Roderick D.M. Page, Edward C. Holmes ISBN: 978-0-86542-889-8 http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0865428891.html 2.Inferring phylogenies By Joseph Felsenstein http://www.sinauer.com/detail.php?id=1775 3. Phylogenetic trees made easy : a how-to manual / Barry G. Hall By Barry G. Hall http://www.sinauer.com/hall/3e/
評量方式 (僅供參考)

課程進度

週次	日期	單元主題
第1週	9/16	Prof. Chen field work at Central Pacific (已補課）
第2週	9/23	Prof. Chen field work at Central Pacific (已補課）
第3週	9/30	Prof. Chen field work at Central Pacific （第18週補課）
第4週	10/07	課程簡介及學門概論
第5週	10/14	親緣關係樹之剖析
第6週	10/21	從基因看生物多樣性
第7週	10/28	遺傳變異之計量/分子演化的模式之剖析
第8週	11/04	親緣關係樹之推衍 (ㄧ)：方法學概論 (distance and Max parsimony methods)
第9週	11/10~11	Workshop on Marine Biology (application of molecular phylogenetics)
第10週	11/18	期中考; 遺傳資料之收集
第11週	11/25	親緣關係樹之推衍 (ㄧ)：方法學概論 (Maximum Likelihood）
第12週	12/02	親緣關係樹之推衍 (ㄧ)：方法學概論 (Bayesian methods) 親緣關係樹之推衍 (二)：分析工具簡介
第13週	12/09	親緣關係樹之推衍 (三)：分析實作 -I; Introduction of GENE phylogeny home work
第14週	12/16	親緣關係樹之推衍 (三)：分析實作 -II; 分子親緣關係學的應用 (ㄧ): 物種史的推定與系統分類的應用
第15週	12/23	分子親緣關係學的應用 (ㄧ): 物種史的推定與系統分類的應用 (continued) (divergence times estimation) by Dr. Sebastien Lavoue
第16週	12/30	分子親緣關係學的應用 (二): 其它關於生物學的應用
第17週	1/06	論文討論及學生成果發表 (羅珮純 ; 柏豪; 石淯銘; 黃瀚嶢)
第18週	1/13	additional week: 論文討論及學生成果發表 (萬民濤; 胡賢彬); 期末總結